宁陵县妇幼保健院设有妇科、产科、儿科、儿童保健科、儿童康复科、产后康复科、围产保健科、乳腺科、外科、麻醉科、口腔科、眼科、孕妇学校等临床医疗科室和检验科、超声科、影像科、心电科等医技科室；同时设有项目管理办公室,负责全县民生实事、妇幼卫生相关业务的管理、指导、调研、监测、培训、评估及宣教工作。其中妇产科、儿科为宁陵县特色科室。